Бойцы элитного секретного отряда "Джи-Ай Джо", базирующегося в Египте, получают задание ликвидировать преступную группировку "Кобра", возглавляемую оружейным бароном Дестро. Если они не справятся с этой миссией, Дестро завладеет новейшей военной технологией, с помощью которой он сможет поставить на колени весь мир.