Долгое время Черепашки-ниндзя скрывались от людей в лабиринтах городской канализации. На протяжении нескольких лет учитель Сплинтер обучал их боевым искусствам и прививал им чувство справедливости. В один прекрасный момент им пришлось подняться наверх, чтобы спасти Нью-Йорк от Шреддера, предводителя Клана Футов, захватившего власть в Нью-Йорке. Вместе с отважным репортером Эйприл и ее оператором Верном бесстрашные воины смогли одержать победу и очистить любимый город от преступности. Леонардо, Микеланджело, Рафаэль и Донателло нашли свое предназначение в этом мире и стали защитниками своего города. Они навели порядок в Нью-Йорке и с чистой совестью могли отправиться на покой, но однажды им вновь пришлось столкнуться с могущественным врагом, угрожающим их городу.